Tugas UAS TI "Bioinformatic of aquaculture"

Jurnal dapat dilihat dengan klik link dibawah ini :
http://www.springerlink.com/content/33m1g23l82612j3m/

Microarray Analyses of Shrimp Immune Responses

Immune-Related Ekspresi Gen Setelah Immunostimulation
  Para tstudy cemara tentang profil ekspresi gen dari udang berikut immunostimulation menggunakan microarray. Pendekatan reportedin 2008 (Fagutaoetal. 2008). Para imunostimulan dan organ udang yang digunakan dalam penelitian ini adalah PG dan hemosit udang kuruma (M.japonicus) masing-masing. Analisis microarray menunjukkan bahwa PG administrasi up-mengatur ekspresi kekebalan genes.These terkait diferensial dinyatakan kekebalan gen terkait fungsi dalam tanggapan antibakteri, pembekuan sistem, prophenoloxidase (PROPO) kaskade dan luka penyembuhan.

Immune-Related Gene Expression Setelah antibiotik pengobatan 
   Antibiotik, biologis atau sintetis yang diproduksi secara substansial yang menampilkan aktivitas antagonis terhadap microorgan-isme, yang digunakan dalam budidaya udang baik untuk terapi dan Tujuan profilaksis (TendenciaandPeña 2001). Dua dari antibiotik yang paling umum digunakan dalam udang oxytetra-cycline dan asam oxolinic. Oxytetracycline (OTC) adalah antibiotik spektrum luas yang aktif terhadap berbagai macam spesies termasuk bakteri Gram-negatif dan Gram-positif aerobik dan anaerobik bakteri dan mungkin salah satu dari terapi yang paling banyak digunakan dalam akuakultur karena itu seffectiveness, keselamatan LowRate, relatif akumulasi dalam jaringan dapat dimakan, dan jaringan waktu eliminasi pendek (Brayet al. 2006).



Immune-Related Ekspresi Gen Setelah Stres Lingkungan 
   WSSV patogenesis diyakini terkait erat dengan hoststress-diinduksi respon (viatheJAK / STATpathway). Oleh karena itu, stres harus mengurangi kemampuan udang untuk membela diri mereka terhadap pathogens.Furthermore, virus dan patogenesis bakteri pada udang mencerminkan korelasi dari tekanan lingkungan dan imunitas.

   Microarray telah menjadi alat yang efektif dalam menjelaskan dan memahami mekanisme respon udang terhadap virus dan bakteri infeksi, pengobatan antibiotik, dan bahkan stres lingkungan pada tingkat molekuler. Oleh karena itu jelas bahwa teknik ini akan menjadi alat yang sangat diperlukan dalam penelitian udang di kedua masa depan jangka pendek dan jangka panjang dan harus mengungkapkan menerobos informasi yang bisa mengarah untuk aplikasi baru untuk pembangunan berkelanjutan udang budidaya dan industri udang pada umumnya.

Bioinformatic of aquaculture

Jurnal dapat dilihat dengan klik link dibawah ini :
http://nar.oxfordjournals.org/  
atau
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3013753/

The catfish genome database cBARBEL: an informatic platform for genome biology of ictalurid catfish

Skema Database cBARBEL  memungkinkan visualisasi koneksi data potensi. para integrasi genom lele yang ada dan yang akan datang sumber daya yang disediakan oleh platform cBARBEL harus kecepatan kemajuan penelitian. Memanfaatkan cBARBEL, Misalnya untuk pengguna mencari gen diberikan dalam ikan patin mampu pencarian dengan urutan serupa dari terkait spesies, seperti ikan zebra, mengidentifikasi lele pencocokan EST, mengidentifikasi EST contig sesuai, mengidentifikasi Penanda SNP dalam contig itu, memvisualisasikan hubungan peta posisi tanda tersebut dan berhubungan keterkaitan dan fisik peta lokasi melalui sistem peta komparatif, semua oleh menavigasi melalui serangkaian link intuitif. Untuk melakukan pencarian serupa tanpa cBARBEL akan membutuhkan menginterogasi serangkaian publik dan lokal memisahkan data-basis, yang berkaitan nomenclatures berbeda, tidak akan termasuk visualisasi dan bisa mengambil lebih dari 30 menit.