Tugas UAS TI "Bioinformatic of aquaculture"

Jurnal dapat dilihat dengan klik link dibawah ini :
http://www.springerlink.com/content/33m1g23l82612j3m/

Microarray Analyses of Shrimp Immune Responses

Immune-Related Ekspresi Gen Setelah Immunostimulation
  Para tstudy cemara tentang profil ekspresi gen dari udang berikut immunostimulation menggunakan microarray. Pendekatan reportedin 2008 (Fagutaoetal. 2008). Para imunostimulan dan organ udang yang digunakan dalam penelitian ini adalah PG dan hemosit udang kuruma (M.japonicus) masing-masing. Analisis microarray menunjukkan bahwa PG administrasi up-mengatur ekspresi kekebalan genes.These terkait diferensial dinyatakan kekebalan gen terkait fungsi dalam tanggapan antibakteri, pembekuan sistem, prophenoloxidase (PROPO) kaskade dan luka penyembuhan.

Immune-Related Gene Expression Setelah antibiotik pengobatan 
   Antibiotik, biologis atau sintetis yang diproduksi secara substansial yang menampilkan aktivitas antagonis terhadap microorgan-isme, yang digunakan dalam budidaya udang baik untuk terapi dan Tujuan profilaksis (TendenciaandPeña 2001). Dua dari antibiotik yang paling umum digunakan dalam udang oxytetra-cycline dan asam oxolinic. Oxytetracycline (OTC) adalah antibiotik spektrum luas yang aktif terhadap berbagai macam spesies termasuk bakteri Gram-negatif dan Gram-positif aerobik dan anaerobik bakteri dan mungkin salah satu dari terapi yang paling banyak digunakan dalam akuakultur karena itu seffectiveness, keselamatan LowRate, relatif akumulasi dalam jaringan dapat dimakan, dan jaringan waktu eliminasi pendek (Brayet al. 2006).



Immune-Related Ekspresi Gen Setelah Stres Lingkungan 
   WSSV patogenesis diyakini terkait erat dengan hoststress-diinduksi respon (viatheJAK / STATpathway). Oleh karena itu, stres harus mengurangi kemampuan udang untuk membela diri mereka terhadap pathogens.Furthermore, virus dan patogenesis bakteri pada udang mencerminkan korelasi dari tekanan lingkungan dan imunitas.

   Microarray telah menjadi alat yang efektif dalam menjelaskan dan memahami mekanisme respon udang terhadap virus dan bakteri infeksi, pengobatan antibiotik, dan bahkan stres lingkungan pada tingkat molekuler. Oleh karena itu jelas bahwa teknik ini akan menjadi alat yang sangat diperlukan dalam penelitian udang di kedua masa depan jangka pendek dan jangka panjang dan harus mengungkapkan menerobos informasi yang bisa mengarah untuk aplikasi baru untuk pembangunan berkelanjutan udang budidaya dan industri udang pada umumnya.

Bioinformatic of aquaculture

Jurnal dapat dilihat dengan klik link dibawah ini :
http://nar.oxfordjournals.org/  
atau
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3013753/

The catfish genome database cBARBEL: an informatic platform for genome biology of ictalurid catfish

Skema Database cBARBEL  memungkinkan visualisasi koneksi data potensi. para integrasi genom lele yang ada dan yang akan datang sumber daya yang disediakan oleh platform cBARBEL harus kecepatan kemajuan penelitian. Memanfaatkan cBARBEL, Misalnya untuk pengguna mencari gen diberikan dalam ikan patin mampu pencarian dengan urutan serupa dari terkait spesies, seperti ikan zebra, mengidentifikasi lele pencocokan EST, mengidentifikasi EST contig sesuai, mengidentifikasi Penanda SNP dalam contig itu, memvisualisasikan hubungan peta posisi tanda tersebut dan berhubungan keterkaitan dan fisik peta lokasi melalui sistem peta komparatif, semua oleh menavigasi melalui serangkaian link intuitif. Untuk melakukan pencarian serupa tanpa cBARBEL akan membutuhkan menginterogasi serangkaian publik dan lokal memisahkan data-basis, yang berkaitan nomenclatures berbeda, tidak akan termasuk visualisasi dan bisa mengambil lebih dari 30 menit.

SIG dan Penginderaan Jarak Jauh

 Jurnal :
http://repository.ipb.ac.id/handle/123456789/31078
http://repository.ipb.ac.id/bitstream/handle/123456789/31078/MHT051102rae_2005_No2_55-69.pdf?sequence=

  PENGGUNAAN TEKNOLOGI PENGINDERAAN JAUH SATELIT
DAN SIG UNTUK MENENTUKAN LUAS HUTAN KOTA: (Studi
Kasus di Kota Bogor, Jawa Barat)

       Hutan kota merupakan cara yang dapat digunakan untuk mengurangi tingkat polusi udara di kota. Selain itu, hutan kota mempunyai fungsi lain yang dapat mendukung terwujudnya lingkungan yang baik, diantaranya meredam kebisingan, menyerap debu, menyerap panas, dan dapat digunakan sebagai tempat  rekreasi. Pengembangan hutan kota ini sangatlah memerlukan perencanaan dan pengelolaan yang baik agar fungsi-fungsi hutan kota tersebut dapat terwujud secara maksimal. Informasi yang akurat, cepat dan efisien tentang lokasi, sebaran dan luas hutan kota akan sangat membantu dalam perencanaan pembangunan.

      Saat ini, teknologi penginderaan jauh citra satelit mampu menyediakan data dengan cakupan yang luas, secara cepat dan tepat waktu. Dengan didukung  sistem informasi geografis, maka perencanaan spasial pembangunan hutan kota dapat dilakukan dengan lebih mudah dan cepat. Ketersediaan citra IKONOS dan SPOT 5 yang mempunyai resolusi spasial yang tinggi telah membuka peluang untuk mendapatkan informasi tutupan lahan detail. Citra IKONOS telah digunakan oleh banyak pemerintah daerah kabupaten dan atau perusahaan swasta nasional untuk memetakan sumber daya alam yang ada di wilayahnya.

      Peningkatan jumlah penduduk kegiatan perekonomian dan pembangunan telah menyebabkan berbagai permasalahan konversi lahan dari lahan-lahan tutupan vegetasi menjadi lahan-lahan terbangun.  Pada sisi lain peningkatan aktifitas ekonomi telah pula meningkatkan kepadatan sarana transportasi kendaraan dan jumlah industri yang ada di wilayah penelitian.  Apabila kondisi ini dibiarkan, maka masyarakat Kota Bogor akan sangat sulit mendapatkan udara bersih, yang bebas dari bahan-bahan pencemar yang dikeluarkan oleh kendaraan bermotor dan industri.  Untuk mengantisipasi masalah ini berkelanjutan, maka diperlukan suatu tindakan preventif melalui program pembangunan dan atau pemeliharaan hutan kota. Pada studi ini penulis melakukan analisis spasial terhadap kebutuhan hutan kota menggunakan pendekatan kebutuhan oksigen.  Kondisi tutupan hutan kota yang ada saat ini diderivasi menggunakan citra satelit SPOT dan IKONOS, yang selanjutnya dianalisis secara spasial dengan SIG.

Bioinformatika Pada Perikanan

Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatik ini tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA.

Perkembangan teknologi DNA rekombinan memainkan peranan penting dalam lahirnya bioinformatika. Teknologi DNA rekombinan memunculkan suatu pengetahuan baru dalam rekayasa genetika organisme yang dikenala bioteknologi. Perkembangan bioteknologi dari bioteknologi tradisional ke bioteknologi modern salah satunya ditandainya dengan kemampuan manusia dalam melakukan analisis DNA organisme, sekuensing DNA dan manipulasi DNA.

Sekuensing DNA satu organisme, misalnya suatu virus memiliki kurang lebih 5.000 nukleotida atau molekul DNA atau sekitar 11 gen, yang telah berhasil dibaca secara menyeluruh pada tahun 1977. Kemudia Sekuen seluruh DNA manusia terdiri dari 3 milyar nukleotida yang menyusun 100.000 gen dapat dipetakan dalam waktu 3 tahun, walaupun semua ini belum terlalu lengkap. Saat ini terdapat milyaran data nukleotida yang tersimpan dalam database DNA, GenBank di AS yang didirikan tahun 1982.

Bioinfoasi hayati. Bidang ini mencrmatika ialah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasi untuk mengelola dan menganalisis informakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuens DNA dan asam amino. Contoh topik utama bidang ini meliputi pangkalan data untuk mengelola informasi hayati, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan struktur protein atau pun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Para  ilmuwan  di  University of Alaska Fairbanks (UAF) dan lembaga-lembaga akademi  serta  pemerintah  federal  lainnya—bersama-sama  para peneliti di ARSC—menggunakan  Iceberg untuk meneliti tantangan-tantangan lingkungan dan keseimbangan ekosistem di darat, laut dan udara.

NCBI ( National Centre of boitechnology information )

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya.
Situs akses NCBI : www.ncbi.nlm.nih.gov. Beberapa menu yang disediakan oleh NCBI yang populer antara lain BLAST, Pubmed, Pubmed central, Gene, Genome, Nucleotide, Protein dan SNP.

1. Salah satu tools yang tersedia dalam situs NCBI ini adalah BLAST.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui GenBank DNA database dalam waktu singkat.
Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :
1. nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida
2. protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database sekuen protein
3. blastx : membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein
4. tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.
5. tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida.

2. Mencari referensi penelitian melalui NCBI
Beberapa journal penelitian dapat diakses pada database NCBI melalui Pubmed maupun Pubmed central.

PubMed adalah sebuah layanan dari National Library of Medicine, yang menyertakan lebih dari 20 juta kutipan untuk artikel-artikel biomedis sejak tahun 1950-an hingga kini. Kutipan-kutipan itu dari MEDLINE dan tambahan dari jurnal-jurnal sains kehidupan. PuMed menyertakan link ke banyak situs yang menyediakan teks lengkap dari artikel tersebut dan sumber-sumber yang berhubungan. PubMed Central (PMC) adalah tempat arsip digital jurnal bebas/gratis yang disediakan oleh Institut Kesehatan Nasional AS (National Institutes of Health-NIH) yang menyediakan literatur ilmiah di bidang biomedik dan ilmu hayat.
Misal : Beberapa jurnal yang digunakan untuk referensi dalam penulisan tesis yang ditelusuri melalui data base pubmed.